تعتبر الرقابة ركن من أركان النزاهة والمساءلة التي تحقق الحوكمة التي يسعى مجلس القضاء الاعلى إلى ترسيخها.  حيث تتمثل رسالة الرقابة في تقديم خدمة رقابية فاعلة على الموارد والخدمات للتأكد من سلامة الاداء المالي والإداري والفني ، وبذات الوقت رفع تقارير الآداء بمهنية الى اصحاب القرار، فهي بمثابة صمام الأمان الأول للمحاكم ، كذلك للسلطة القضائية والدرع الواقي ايضا ، حيث تسعى الرقابة الى التميز المهني بالآداء ، وتقوم بعملها بموضوعية، والتجديد، والشفافية، والنزاهة وبالاستقلالية .

 وتقوم الرقابة الداخلية داخل المؤسسة بمراقبة كافة الاجراءات المالية والادارية، فهي تتبع بذلك مباشرة لرئيس مجلس القضاء الاعلى، ويعتبر نظام الرقابة الداخلية لمجلس القضاء الدرع الواقي لأي مخاطر واخطاء وتبحث عن اي مخالفات، فهي من خلال ذلك تعتبر بمثابة اجهزة انذار مبكر، فتقاس قوة مجلس القضاء بمدى حصانة وكفاءة وفاعلية نظامه الرقابي.

ان وحدة الرقابة الداخلية هي وحدة تم استحداثها مؤخرا بتاريخ 17/2/2015، ومنذ نشأتها حيث كان دورها يتمثل  في التدقيق المالي والاداري، وفي عام 2019 تم دمج دائرة الرقابة والجودة تحت مظلة وحدة الرقابة الداخلية   وبالتالي اصبح دورها يشمل ايضا الرقابة الفنية على اقلام ودوائر المحاكم. 

حيث ان وحدة الرقابة الداخلية من مهامها الرئيسية تقديم تقارير دورية، يوضح بها اداء اعمالها بما يتناسب مع احتياجات العمل في التدقيق والرقابة ، حيث يحتوي التقرير على مواضيع ذات اهمية ، ويتضمن ايضا انجازات رقابية ذات كفاءة وفعالية في الوقت المناسب لدرء مخاطر قد تواجه الاداء الوظيفي .